1 августа 2003 года в год 100-летия со дня прославления преподобного Серафима Саровского архиепископом Хабаровским и Приамурским Марком был освящен и торжественно заложен камень в основание будущего храма. В день закладки камня лил очень сильный дождь. Владыка тогда сказал: «И зачем мне освящать что-то, Господь уже Сам освятил всю эту землю».
В марте 2005 года члены Попечительского совета и настоятель Прихода отец Виталий Кудря побывали в паломнической поездке в Москве, Дивеево и Малом Ярославце, после которой с благословения епископа Марка было решено расширить строительство до монастырского комплекса, в который вошел бы детский приют-интернат.
Работы по устройству фундамента, кирпичная кладка технического этажа и его перекрытия были выполнены под руководством прораба Петра Афанасьевича Хвощенко (ныне почившего), который уже приложил свой опыт и силы в строительстве часовни и фундамента будущей домовой церкви. Он же был первым жертвователем прихода. Все доходы от своей строительной фирмы он отдавал приходу. Семья Петра жила на его военную пенсию и зарплату жены.
Первоначально планировалось построить небольшой одноэтажный храм. Проекта еще не было, а желание строить было. Одним из проектировщиков храма был Мамешин А., который выдал эскизный проект, по нему и стали строить. На протяжении пятилетнего строительства возникало не мало трудностей и неразрешимых задач, которые преодолевались только с Божией помощью. По проекту архитектура храма выдержанна в стиле 15-16 века, арочные окна, откосы которых развертываются на улицу, и сам свод храма, сделанный очень интересно, без колон, поэтому нагрузка всего массива храма ложится на стены – все это требовало немалого профессионализма от участников строительства и принятия неординарных решений, которые исполнялись впервые.
17 сентября 2007 года были освящены и установлены кресты на купола храма, их золочение было выполнено в Москве. Установка главного купола и креста потребовало не мало сил и инженерного умения. Дело в том, что вылет самого большого крана в Хабаровске не позволял поднять крест на высоту купола, а другим способом его никак нельзя было поднять, так как большой вес креста не позволял поднять его даже с помощью вертолета. После продолжительных обсуждений было найдено единственное решение — прицепить груз на консоль крана для его уравновешивания при подъеме креста.
К изготовлению икон для иконостаса верхнего храма были привлечены опытные московские иконописцы – супруги Дмитрий и Галина Ларионовы, а «тело» иконостаса верхнего и нижнего пределов нашего храма было изготовлено коллективом хабаровских мастеров под руководством Мыцина Виктора Павловича, из ценной породы дерева Дальневосточной тайги – маньчжурского ореха.
В декабре 2007 года стараниями насельниц Петропавловского женского монастыря была выполнена орнаментальная роспись верхней части свода верхнего храма на высоте около 41 метра, а его внутренние стены были выкрашены в светло-зеленый «преподобнический» цвет.
15 мая 2008 года в день памяти святых благоверных князей Бориса и Глеба были освящены и смонтированы на звоннице 10 колоколов, изготовленных в г. Борисоглебске, и храм обрел свой «голос».
29 мая 2008 года милостью Божией, Высопреосвященным Марком (Тужиков) , ныне митрополитом Вятским и Слободским, храм был освящен, а город Хабаровск накануне своего 150-летнего юбилея украсился ещё одним красивым и неповторимым по архитектуре храмом. Жители нашего города получили возможность молиться на месте чудесного явления преподобного Серафима Саровского на хабаровской земле.